سامانه حقوق مسافر 
| رییس سازمان |
| کمیته امنیتی و حفاظتی هواپیمایی |
| شورای عالی هواپیمایی کشور |
| حوزه ریاست |
|---|
| دفتر ایمنی |
| حراست |
| دفتر ریاست و روابط عمومی |
| دفتر ارزیابی عملکرد و تضمین عملکرد |
| دفتر بررسی سوانح و حوادث |
| معاونت استاندارد پرواز |
|---|
| دفتر عملیات پرواز |
| دفتر صلاحیت پرواز |
| دفتر گواهینامه های پرسنل هوانوردی |
| معاونت هوانوردی و امور بین الملل |
|---|
| دفتر نظارت بر عملیات هوانوردی |
| دفتر نظارت بر فرودگاهها شرکت ها و موسسات هوانوردی |
| دفتر امور حقوقی و بین المللی |
| معاونت توسعه مدیریت و منابع |
|---|
| دفتر برنامه ریزی تشکیلات و بودجه |
| اداره کل امور کارکنان و پشتیبانی |
| اداره کل امورمالی و ذیحسابی |
| دفتر آمار، فناوری اطلاعات و امنیت فضای مجازی |
