در اواخر جنگ جهانی اول و در یكی از روزهای سال 1296 شمسی اهالی تهران برای اولین بار هواپیمایی را مشاهده كردند كه در ارتفاع پایین بر فراز تهران پرواز می كرد و چون در آن موقع فرودگاهی در تهران وجود نداشت، خلبان در محل وزارت امور خارجه و شهربانی فعلی به زمین نشست. این هواپیما ساخت روسیه بود كه آن را به صورت صندوقی از قطعات از راه بندرانزلی با اتومبیل به تهران حمل و پس از سوار كردن قطعات توسط خلبان روسی به پرواز درآمد. پیشرفت سریع كشورهای توسعه یافته در زمینه صنعت، تكنولوژی و بازرگانی، مسؤلین امر را متوجه صنعت نوپا و پرشتاب هواپیمایی كرد. به دنبال تمایل كشورها نسبت به استفاده از این تكنولوژی، در بهمن ماه سال 1304 ایران به موجب قانونی، حق انحصاری هواپیمایی در ایران را به شركت هواپیمایی آلمانی به نام یونكرس، واگذار كرد. شركت مذكور در سال 1305 شعبه خود را در ایران افتتاح و با وارد كردن چند فروند هواپیمای یونكرس، خطوط هوایی به شهرهای مشهد، شیراز، بندرانزلی و بوشهر دایر و حمل و نقل پست و مسافر از راه هوا را به عهده گرفت. در سال 1317 باشگاه خلبانی با 20 فروند هواپیما تاسیس شد. در مرداد ماه 1325 دولت اقدام به تشكیل اداره ای تحت عنوان اداره كل هواپیمایی كشوری كرد. اداره مذكور در آغاز كار خود را در یك اتاق واقع در طبقه پایین ساختمان شمس العماره با یك رییس و یك كارمند آغاز و در یك سال بعد با بودجه ای بالغ بر سیصد هزار تومان محل آن به فرودگاه مهرآباد انتقال یافت.

حدود سه سال بعد یعنی در تاریخ 28 تیر ماه 1328 قانون هواپیمایی كشوری به تصویب مجلس وقت رسید و اداره كل هواپیمایی كشوری زیر نظر وزارت راه قرار گرفت. در سال 1353 اداره مذكور تحت عنوان سازمان هواپیمایی كشوری زیر پوشش وزارت جنگ قرار گرفت، تا این كه با به ثمر رسیدن انقلاب شكوهمند اسلامی در تاریخ 1357/12/06 با تصویب شورای انقلاب، سازمان از پیكره وزارت جنگ منتزع و به وزارت راه و ترابری ملحق شد. در راستای شناخت بیشتر سازمان هواپیمایی كشوری كه امروزه به عنوان سازمانی متعالی و شكوفا، اعمال حاكمیت بر صنعت حمل و نقل هوایی را عهده دار است همین بس كه پس از انقلاب شكوهمند اسلامی به رغم مشغله های هشت سال دفاع مقدس و اخراج كارشناسان خارجی، كلیه امور به دست توانای متخصصین ایرانی انجام و فرودگاههای كشور از 22 فرودگاه قبل از انقلاب كه حمل بار و مسافر در آن انجام می گرفت به 102 فرودگاه (شامل؛ فرودگاه هاي غيرنظامي تجاري، نظامي و فرودگاه هاي آموزشي تفريحي) و همچنين 10 فرودگاه درحال احداث و در دست مطالعه قرار دارد و آمار جابه جایی مسافر از قریب به سه میلیون نفر قبل از انقلاب به بيش از 30 میلیون نفر در سال افزایش یافته است.
وظایف سازمان هواپیمایی كشوری به مثابه نماینده دولت در جهت اعمال حاكمیت در صنعت حمل و نقل هوایی كشور به شرح زیر است:
- برنامهریزی و تنظیم مقررات در زمینههای فنی، اقتصادی، بازرگانی داخلی و بینالمللی، حمل و نقل هوایی كشور، ایمنی پروازها، بهبود كیفیت خدمات مسافر، بار و محمولات پستی و توسعه آنها
- اجرای تعهدات، مقررات، استانداردها، الزامات و توصیههای سازمان بینالمللی هواپیمایی كشوری (ایكائو) در كلیه امور هوانوردی كشوری با رعایت قوانین و مقررات داخلی
- نظارت بر كلیه فعالیت های هواپیمایی كشوری با هدف اطمینان از رعایت قوانین و مقررات مربوط، تأمین ایمنی و حفظ مصالح عمومی، جلوگیری از وقوع مخاطرات و رقابتهای ناصحیح بین متصدیان حمل و نقل هوایی
- صدور مجوز كلیه فعالیتهای هوانوردی كشوری بخش دولتی و غیردولتی و نظارت بر اجرای آنها با رعایت قوانین و مقررات مربوط و تأیید و صدور مجوز برای انواع هواپیماهایی كه میتوانند در ایران به فعالیت حمل و نقل هوایی بپردازند.
- تدوین استاندارد پرواز، نظارت بر شركتها و مؤسسات هواپیمایی از نظر تأیید صلاحیت و رعایت نكات و استانداردهای ایمنی و صدور گواهینامهها و تدوین و تنظیم مقررات مربوط.
- عضویت و ارتباط با سازمان بینالمللی هواپیمایی كشوری(ایكائو) و سایر سازمانهای جهانی ذیربط و استفاده از تجارب، دانش، خدمات و مشاوره اشخاص حقیقی یا حقوقی خارجی با رعایت قوانین و مقررات مربوط.
- تهیه موافقتنامهها و قراردادهای بینالمللی هواپیمایی كشوری در زمینه حمل و نقل هوایی و پروازهای عبوری بر اساس سیاستهای روابط خارجی كشور و مبادله آنها با طرفهای مقابل پس از طی مراحل تصویب و امضای آنها وفق اصول (77) و (125) قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران
- برنامهریزی در زمینه تربیت و ارتقاء نیروی انسانی متخصص فعال و مورد نیاز صنعت هوانوردی كشور با استفاده از ظرفیتهای مراكز آموزشی داخلی و بینالمللی
- مطالعات و تحقیقات علمی و فنی در مسایل مربوط به هواپیمایی كشوری و ایجاد تسهیلات و تشویق افراد و مؤسسات صلاحیتدار به انجام این امور و تمهید موجبات آن
- تهیه طرحهای ارایه خدمات تجسس و نجات هوایی با هماهنگی سایر مراجع ذیربط و در صورت لزوم تصویب در مراجع ذیصلاح و نظارت بر اجرای آن
- تهیه آمار و جمعآوری اطلاعات مربوط به هوانوردی كشوری و تأیید اطلاعات ضروری برای انجام ایمن پروازها و انتشار آن برای مراجع ذیربط.
- سیاست گذاری، تدوین و تنظیم مقررات مرتبط با فضای هوایی كشور در حوزه هوانوردی غیرنظامی و پروازهای عبوری از فضای كشور و نشست و برخاست از فرودگاهها مطابق با قانون هواپیمایی كشوری و نظارت براجرای آن
- تبصره - صدور مجوز عبور از فضای كشور و نشست و برخاست پروازهای خارجی نظامی و خاص توسط نیروهای مسلح صورت میگیرد.
- نظارت بر اعمال مسیرهای هوایی و ایجاد مناطق ممنوع، خطر، احتیاطی و محدوده در فضای كشور با همكاری و هماهنگی نیروهای مسلح در راستای ایمنی، امنیت و نظم جریان شدآمد (ترافیك) هوایی
- تدوین و تنظیم مقررات خدمات ناوبری هوایی كشوری شامل مدیریت شدآمد (ترافیك) هوایی، مخابرات هوانوردی، هواشناسی، مدیریت اطلاعات هوانوردی و نظارت بر اجرای آن
- ارایه خدمات مدیریت اطلاعات هوانوردی و مجوز پروازهای كشوری در راستای اجرای وظایف حاكمیتی
- تعیین طیف بسامد (فركانس)های مورد نیاز ذینفعان هواپیمایی كشوری در دامنه بسامد (فركانس)های هوانوردی در چهارچوب طیف تخصیصی توسط سازمان تنظیم مقررات وارتباطات رادیویی و با رعایت قوانین و مقررات ناظر بر تنظیم مقررات و بسامد (فركانس)های كشور
- سیاستگذاری و برنامهریزی در خصوص تدوین و بروزرسانی برنامههای ارتقای ناوبری هوایی غیرنظامی و نظارت بر اجرای آن در كشور و همچنین برنامهریزی برای همسانسازی برنامههای ناوبری هوایی نظامی و غیرنظامی با هماهنگی و همكاری نیروهای مسلح
- انعقاد تفاهمنامه مدیریت شدآمد(ترافیك) هوایی با كشورهای عضو سازمان بینالمللی هواپیمایی كشوری (ایكائو) با تایید نیروهای مسلح در مسایل نظامی
- سیاستگذاری، تدوین و تنظیم مقررات مرتبط با طراحی، عملیات، تجهیزات، سامانهها، تسهیلات، مدیریت، نیروی انسانی و اقتصاد حمل و نقل هوایی و نظارت بر اجرای آن مطابق با الزامات ایمنی، استانداردها و توصیههای سازمان بینالمللی هواپیمایی كشوری (ایكائو) ونظارت بر اجرای آن
- بررسی و تأیید مطالعات طرحهای فرودگاهی شامل طرحهای امكان سنجی، طرحهای جامع و طرحهای توسعهای و انطباق آن با شبكه پروازی و سیاستهای كلان هوانوردی
- صدور مجوز احداث و بهرهبرداری از فرودگاهها و بالگردگاه(هلیپورت)ها براساس الزامات و استانداردهای سازمان بینالمللی هواپیمایی كشوری (ایكائو) و سیاستهای عمومی كشور و مقررات حوزه حمل و نقل پس از كسب نظر از كمیته دایمی اداره امور فضای كشور
- نظارت بر تامین ایمنی و امنیت هوانوردی و تهیه و تنظیم دستورالعملهای امنیتی، حفاظتی با رعایت مقررات و استانداردهای بینالمللی و داخلی مربوط و نظارت بر اعمال آنها
- تنظیم مقررات و توسعه هوانوردی عمومی و پهپادهای غیرنظامی در چهارچوب سیاستهای عمومی كشور و نظارت بر اجرای آن
- بررسی سوانح و حوادث هواپیمایی غیر نظامی و ارایه گزارش و پیشنهادهای ایمنی به مراجع ذیربط.
- پیگیری اجرای قانون اجرای سیاستهای كلی اصل چهل و چهارم (44) قانون اساسی در صنعت هوانوردی كشور و فراهم آوردن زمینه مشارکت بخش غیر دولتی و ترویج رقابت برای واگذاری و بهره برداری از اماکن و امور تصدی هوانوردی
- استفاده از خدمات، دانش و مشاوره بخش غیردولتی داخلی و خارجی برای انجام و تقویت امور بازرسی و نظارت با رعایت سیاستهای کلی نظام و قوانین و مقررات مربوط.
- كمك به تعاونیها و صندوقهای رفاه كاركنان سازمان مطابق آییننامه اجرایی لایحه قانونی تعیین بهای خدمات فرودگاهی و پروازی با رعایت قوانین مربوط.
- حمایت از حقوق استفاده كنندگان از خدمات حمل و نقل هوایی به ویژه مسافرین
- اجرای سیاستها و مصوبات و تصمیماتی که شورایعالی هواپیمایی كشوری(موضوع ماده 6 قانون هواپیمایی کشوری) در چهارچوب اختیارات و وظایف قانونی آن شورا اتخاذ و ابلاغ می کند.
- نظارت، بازرسی فنی و تخصصی از شركتهای هواپیمایی، مؤسسات هوانوردی، فرودگاهها، اماكن و مستحدثات مربوط.
تبصره: بازرسان سازمان برای ورود و بازرسی، نظارت و اعمال مقررات وفق قوانین داخلی و بینالمللی هوانوردی نسبت به شركتهای هواپیمایی، مؤسسات هوانوردی، فرودگاهها، اماكن و مستحدثات مربوط، دارای اختیار تام هستند و تمامی عوامل دستگاههای اجرایی مستقر در فرودگاه از جمله عوامل فرودگاهی، پروازی و نیروهای امنیتی و انتظامی مكلفند با بازرسین سازمان همكاری كنند. درمورد اماکن و مستحدثات نظامی و امنیتی، رعایت مصوبات شورای عالی امنیت ملی و قوانین و مقررات مربوط الزامی است.
- اظهار نظر کارشناسی در خصوص تشخیص بی احتیاطی یا بی مبالاتی یا عدم رعایت نظامات دولتی یا عدم مهارت در مورد سوانح مربوط به وسایل نقلیه هوایی و تعیین میزان درصد تقصیر به عنوان گزارش کارشناسان رسمی دادگستری